Por outro lado, fontes da Polícia Federal afirmam que não houve qualquer intenção além do cumprimento das decisões baseadas em investigações e que a desconfiança dos militares é apenas uma teoria da conspiração. No entanto, essa desconfiança reflete uma relação ruim entre as duas instituições, segundo avaliações de governistas. Diante disso, o ministro da Defesa, José Múcio, e os militares têm trabalhado para minimizar as tensões.
Um exemplo citado pelos militares é a coincidência entre a prisão do tenente-coronel Mauro Cid, ex-ajudante de ordens de Jair Bolsonaro, com o encontro do presidente Lula com o Alto Comando e o anúncio da nomeação do general Marcos Antonio Amaro para o Gabinete de Segurança Institucional. Além disso, os generais reclamam que, horas antes de Lula anunciar o investimento de R$ 53 bilhões do novo PAC para as Forças Armadas, ocorreu a operação contra o general da reserva Lourena Cid, suspeito de participação no caso das joias.
Como forma de melhorar a relação, José Múcio tem mantido frequentes conversas com o diretor-geral da PF, Andrei Rodrigues. O ministro fez questão de convidá-lo pessoalmente para a cerimônia do Dia do Soldado. Segundo Múcio, era importante mostrar à sociedade que todos estão do mesmo lado. Andrei Rodrigues afirmou que há um sentimento comum de ser rigoroso com quem cometeu crimes.
Para reduzir as tensões, o comandante do Exército, Tomás Paiva, convidou o ministro Alexandre de Moraes, do STF, para voltar a fazer musculação na academia do Comando Militar do Planalto. Moraes costumava frequentar o local antes de entrar em conflito com os militares devido à sua atuação no processo eleitoral. Agora, com o novo convite, ele está avaliando a possibilidade de retomar os exercícios em companhia dos militares.
Fontes militares afirmam que os esforços para melhorar a relação com a PF não têm como objetivo blindar militares investigados, mas sim garantir uma boa relação institucional. Já a Polícia Federal ressalta que as investigações não visam mirar militares especificamente, mas sim apurar os ilícitos como um todo e individualizar as condutas, independentemente de serem das Forças Armadas ou não.
O mal-estar entre a PF e os militares teve início ainda na transição de governo, quando houve uma disputa sobre quem coordenaria a segurança do presidente Lula. A PF e o então ministro da Justiça, Flávio Dino, defendiam que parte dessa atribuição saísse do GSI. Após seis meses de responsabilidade da PF sobre a segurança do presidente, em junho, o modelo passou por mudanças e a coordenação voltou para o GSI, com um modelo híbrido em vigor.
Além disso, houve divergências entre a PF e o Ministério da Defesa em relação ao GSI, com suspeitas de que membros do órgão tenham facilitado ou sido omissos nos ataques ao Palácio do Planalto. Também houve desacordo em relação à liderança do GSI, com membros da PF defendendo que fosse comandado por um civil e o ministro da Defesa apoiando a tradição de um militar à frente do órgão.
Atualmente, o clima de tensão entre a PF e os militares reflete uma relação deteriorada, que governistas avaliam como sendo ruim. O ministro da Defesa e os militares têm atuado para resolver os conflitos e garantir uma boa relação institucional entre as duas instituições.
